Действие происходит в альтернативной версии Японии будущего, пережившей серию природных катастроф в 2020-х годах, за которыми последовал период нестабильности, экономического восстановления и внутренних конфликтов. В сформировавшемся обществе все аспекты жизни граждан контролируются системой искусственного интеллекта "Сивилла". Система определяет образовательные учреждения, профессиональную деятельность и семейные отношения для каждого человека. Для поддержания порядка используется психопаспорт - устройство, оценивающее склонность личности к преступным действиям через цветовые индикаторы и рейтинговую систему.
Во втором сезоне сюжет сосредоточен на инспекторе управления общественной безопасности Аканэ Цунэмори, которая принимает решение о полном подчинении директивам системы. Её психопаспорт сохраняет стабильный светло-голубой цвет, свидетельствующий о низком уровне криминальных наклонностей, даже при регулярном контакте с преступниками. Система Сивилла продолжает функционировать в штатном режиме, уделяя повышенное внимание деятельности Цунэмори. Ситуация изменяется, когда в городе начинается серия террористических актов, приводящих к массовым жертвам среди гражданского населения.
Для поимки преступника задействуются оперативные группы различных подразделений. После задержания террориста выясняется, что его психопаспорт определяется системой как абсолютно чистый. Это открытие ставит под сомнение эффективность существующей системы контроля. Перед Цунэмори возникает необходимость расследования данного случая, одновременно с продолжающейся угрозой со стороны неуловимого преступника, не идентифицируемого системами наблюдения. Дальнейшее расследование приводит к обнаружению дополнительных противоречий в работе городской инфраструктуры.
